지정된 천연기념물은 원칙적으로는 현상 변경이 허락되지 않는다.

천연기념물이라는 용어는 1800년 독일의 알렉산더 폰 훔볼트가 처음으로 'Naturdenkmal'이라는 말을 사용한 데서 유래했다고 한다. 이 말이 오늘날과 같은 의미의 용어로 정착하게 된 것은 산업혁명이 진전되어 자연파괴가 누적되기 시작한 19세기 후반부터이며, 자연파괴를 걱정하여 자연보호를 외치게 된 것은 거의 같은 시기의 영국·미국·독일에서였다. 일본에서는 천연기념물에 대한 개념이 1906년에 소개되었고, 1919년에 사적·명승·천연기념물 보전법이 제정·실시되었다. 한국에서는 일제강점기인 1933년 8월 9일 조선총독부에 의해 '조선 고적·명승·보물·천연기념물 보전령'이 공포되고 다음 해부터 천연기념물이 지정되기 시작해 1945년 8·15 해방 이전까지 지정번호 제1호인 '달성의 측백수림'을 비롯하여 제146호까지 지정되었다. 이 법은 1962년 우리 정부가 '문화재보호법'을 새로 제정·공포할 때까지 효력을 발생했다. 문화재보호법에 따르면 문화재는 크게 유형문화재·무형문화재·기념물·민속자료의 4부문으로 나뉘고, 기념물은 사적·명승 또는 천연기념물로 지정될 수 있다. 천연기념물 가운데서 동물과 식물은 죽거나 이동할 수 있는 것이어서 천연기념물에서 해제되는 경우가 종종 있다. 1962년에는 제146호까지의 천연기념물 가운데 미수복지의 36건과 남한에 있는 것 가운데 12건을 해제하고 98건을 재지정했다. 그후 새로 지정하기도 하고 해제하기도 하여 1995년 6월 현재 총 282건에 이른다. 이것들은 무엇을 주체로 하는가에 따라 식물, 동물, 지질·광물, 천연보호구역의 네 부류로 구분된다.

식물을 주체로 하는 것은 모두 194건이다. 이중에서 가장 많은 것이 노거수로 124건이며 1그루씩 지정된 것이 대부분이다. 종류별로는 은행나무 19건, 소나무(처진소나무·반송 포함) 18건, 느티나무(긴잎느티나무 포함) 12건, 백송·이팝나무·향나무(뚝향나무 포함) 각 8건, 곰솔 6건이며, 기타 5건 이하의 것들로는 회화나무·왕버들(털왕버들 포함)·비자나무·푸조나무·후박나무(왕후박나무 포함)·음나무·탱자나무·팽나무·망개나무·측백·곱향나무·갈참나무·회향나무·올벗나무·중국주엽나무·물푸레나무·다래나무·느릅나무·소태나무·송악·등나무·배롱나무·감탕나무·생달나무 등이 있다. 특정식물의 자생지를 지정한 것에는 미선나무(충북 4곳)·왕벚나무(제주 2곳, 전남 대둔산 1곳)·향나무(경북 울릉도 2곳), 담팔수나무·녹나무·문주란·파초일엽(제주 각 1곳)·망개나무(충북 괴산군 1곳)·산닥나무(경남 남해도 1곳)·팔손이나무(경남 비진도 1곳)·측백나무(경북 안동시 1곳)·철쭉나무와 분치류(강원 반론산 1곳) 등 18곳이 있다. 특정 식물의 북한지(北限地)로는 전라남도 함평(붉가시나무), 전라남도 영광(참식나무), 백양사(비자나무) 등 4곳이 있다. 나무숲(군락 포함)으로는 단일종인 경우 '달성의 측백나무수림'을 비롯한 18곳, 혼효림인 경우 전라남도 '주도의 상록수림', 울릉도 '태하동의 솔송나무·섬잣나무·너도밤나무 군락', 전라남도 '무안 청천리의 팽나무와 개서어나무의 줄나무'를 포함하는 25곳이 있다. 기타 '제주도의 한란'과 경상남도 '함안 법주면의 늪지식물'이 있다.

동물을 주체로 지정한 것은 61건이다. 특정동물의 서식지로는 광릉(크낙새), 울릉도 사동(흑비둘기), 천지연폭포(무태장어), 강원도의 정암사(열목어), 경상북도 봉화 석포면(열목어), 전라북도 무주 설천면(반딧불) 등 6곳, 조류의 번식지로는 여주 신접리, 무안 용월리, 양양 포매리(이상 백로 및 왜가리), 거제 학동리(팔색조), 전라남도 칠팔도(해조류인 바다제비·슴새·칼새), 제주도 사수도(해조류인 흑비둘기·슴새), 충청남도 난도(괭이갈매기), 경상남도 홍도(괭이갈매기), 경상북도 독도(해조류인 바다제비·슴새·괭이갈매기), 전라남도 구굴도(해조류인 뿔쇠오리·바다제비·슴새), 경기도 신도(노랑부리백로·괭이갈매기) 등 13곳, 조류의 도래지로는 진천(왜가리), 진도(백조), 낙동강 하류(철새), 거제도 연안(아비), 철원 천통리(철새), 한강 하류(재두루미) 등 6곳이 있다. 동물의 특정 종으로서 천연기념물에 지정된 것에는 장수하늘소(전국 일원), 황쏘가리(한강), 어름치(금강, 전국 일원), 무태장어, 크낙새, 따오기, 황새, 먹황새, 백조(고니·큰고니·흑고니), 두루미, 재두루미, 팔색조, 저어새(저어새 및 노랑부리저어새), 느시, 흑비둘기, 흑두루미, 까막딱따구리, 수리류(독수리·검독수리·참수리·흰꼬리수리), 매류(참매·붉은배새매·개구리매·황조롱이·매), 올빼미와 부엉이류(수리부엉이·솔부엉이·칡부엉이·쇠부엉이·소쩍새·큰소쩍새), 기러기류(개리·흙기러기), 검은머리물떼새, 원앙, 노랑부리백로, 사향노루, 산양, 수달, 물범, 하늘다람쥐, 반달가슴곰(이상 전국 일원) 등 31건이 있다.

이밖에도 '울산의 쇠고래 회유 해면'과 가축인 충청남도 연산군 화악리의 오골계, 전라남도 진도의 진돗개, 경상북도 경산의 삽살개, 제주도의 제주마가 있다. 지질·광물에 관한 것은 22건이 지정되어 있다. 동굴로는 충청북도 단양 고수리, 온달, 노동, 강원도 삼척 대이리, 영월 고씨, 삼척 초당, 평창 백룡, 경상북도 울진 성류, 전라북도 천골, 제주도 금영 및 만장, 빌레못, 용암동굴지대(소천굴·황금굴·협재굴) 등 12건, 광물로는 경상북도의 운평리구상화강암, 전라북도 무주 구상화강편마암, 부산 전포동의 구상반려암 등 3건, 화석으로는 경상북도 왜관 금무봉나무고사리, 제주도 서귀포층의 패류, 경상남도 함안층의 새발자국, 의성 제오리의 공룡발자국 등 4건, 기타 경상남도 의령 신라통중의 우흔, 경상남도 밀양 남영리의 얼음골, 제주도 산굼부리 화분구 등 3건이 있다. 천연보호구역으로는 홍도, 설악산, 한라산, 대암산과 대우산, 향노봉과 건봉산 등 5건이 지정되어 있다.

북한에서는 '보물·고적·명승·천연기념물 보존령'(1949. 4. 29)에 의거, 1985년 현재 식물 관계 157건, 동물 관계 60건, 지질 관계 5건 등 총 222건의 천연기념물이 지정되어 있다. 천연기념물과는 별도로 자연보호구(6곳)·동물보호구(14곳)·식물보호구(14곳)·바대새번식보호구(6곳)·수산자원보후구(4곳)가 지정되어 있다.